Posso postare un mio piccolo contributo?
Io continuo a preferire gli AVI all'MP4, anche per una questione di massima compatibilità con con i lettori divx (quelli da "tv" per intenderci) per cui mi sono industriato così.
Format Factory per passare tutti i video da MP4 ad avi, procedimento semplicissimo di pochi minuti potere mettere in coda tutti i video che volete e lasciarlo lavorare.
AVI ReComp per unire video e sub in due semplicissimi passaggi.
Se volete posso realizzare una piccola guida, ma il procedimento è talmente semplice ed intuitivo che non ne vale neanche la pena.