Che Eloise sia in qualche modo speciale è necessario: perché, infatti, Daniel dovrebbe dire a Desmond (nel 5x01) di andare a cercare proprio sua madre? Cosa sapeva Daniel di sua madre? Perché proprio Eloise li avrebbe potuti aiutare?
Nel 5x14, Daniel chiede a Jack se Eloise, per convincerli a tornare sull'Isola, avesse detto loro che tornare sull'Isola era il loro destino, azzeccando in pieno. Eloise, a quanto pare, ha proprio una fissazione per far sì che tutti seguano il proprio destino. Su questo direi che siamo d'accordo. Ma guarda caso, è proprio la stessa funzione che adempie anche nel 3x08, quando Eloise dice a Desmond che quello di andare sull'isola è il suo destino (sottolineo "è", non "era", "è il suo destino").
Eloise è anche l'unica che con tutta probabilità conosce nel dettaglio le ricerche del figlio nell'ambito dei viaggi nel tempo con la coscienza, cosa in cui, agli occhi dello scienziato Faraday, Desmond risulta essere speciale. Dobbiamo considerare che lo "speciale" con cui Daniel si riferisce a Desmond deve essere circoscritto a ciò che la stesso Daniel sa di Desmond. Daniel considera Desmond speciale perchè a differenza di Eloise (il Topo), Theresa e Minkowski è stato in grado di trovare la costante ed uscire indenne dal caos temporale. Con quel tentativo disperato, secondo me, lui spera che sua madre sia in grado di far viaggiare nuovamente Desmond con la sua coscienza nel tempo per poter in qualche modo aggiustare le cose.
E' escluso che Daniel possa avere una qualche conoscienza degli eventuali poteri della madre ed escludo anche che Daniel possa sapere che Eloise ha in effetti la capacità di riportare persone sull'isola. Quindi non può aver bussato alla porta di Desmond per uno di questi motivi. Anche se, in effetti, Eloise deve avergli fracassato gli zebedej con la storia del destino.

In questo contesto anche nella 5x14, dove Daniel non da certo per scontato che dietro il ritorno dei Losties ci possa essere lo zampino della madre, il destino a cui fa riferimento è lo stesso strumento che la madre ha usato con lui per convincerlo a perseguire studi e azioni che viceversa non avrebbe compiuto. Daniel considera "il destino" come il modus operandi su cui Eloise fa leva per convincere terze persone a compiere azioni. Tutto qui.
Ok, allora ti chiedo: in che periodo Eloise parla con Jacob? Perché se è stato Jacob a dirle che il suo intervento è necessario, allora deve averlo incontrato al massimo quando Daniel era ancora un bambino. È da quel momento che Eloise spinge suo figlio a diventare uno scienziato e a giungere sull'Isola, ben sapendo che sull'Isola sarà proprio lei ad ucciderlo.
Sicuramente quando Daniel era ancora bambino, altrimenti come madre avrebbe tentato in tutti i modi di sovvertire il destino.

Eloise sa troppe cose (il Lampione, le regole, la "guerra" in atto sull'isola), se è onnisciente pro tempore allora da un punto di vista narrativo si sostituirebbe all'Isola e di conseguenza a Jacob.
Visto che Jacob è solito incontrare altre persone per farsi aiutare nel suo piano, direi che è la spiegazione più semplice.
Tra l'altro mi viene il dubbio: siamo assolutamente certi che il diario di Faraday, dopo l'Incidente, sia custodito da Eloise?
L'ultima volta che lo vediamo (Sideways a parte) è quando Sayid sta estraendo il nucleo di Jughead (5x16) e Jack gli dice "Are you done with Faraday's journal?" e Sayid gli risponde "Take it". Da quel momento non abbiamo notizie del diario di Faraday. Come facciamo a dire che sia proprio Eloise ad averlo? 

Ti confesso che mi avevi messo la pulce nell'orecchio... sono andato a riguardare e sono convinto che il diario ce l'ha Eloise.
Primo perchè sa che l'uomo che ha ammazzato è il suo futuro figlio e sa che sarà lei a scrivere la dedica nelle prime pagine. Un oggetto troppo prezioso in questo contesto per smarrirlo o lasciarlo a qualcun altro.
In secondo luogo Eloise è l'unica ad avere una borsa. dove è presumibile che l'abbia introdotto prima di tuffarsi, l'aveva anche avvolto in un telo.
Terzo, il dialogo tra Sayid e Jack è facilmente contestualizzabile: "hai finito con il diario di Faraday?" "prendilo" (si ho finito, mettilo pure a posto). Dialoghi stringati di questo tipo sono frequenti per chi come me e mia moglie hanno un bimbo piccolo in casa e spesso si ritrovano ad armeggiare con oggetti pericolosi o delicati "hai finito col trapano?" "prendilo".

Poi si intravede Jack prenderlo e portarlo vicino a dove è seduta Eloise e trafficare brevemente al suo fianco, Eloise in questo momento non ha la borsa a tracolla, presumo che sia tra lei e Jack. Più tardi, quando si muovono, Eloise ha nuovamente la borsa a tracolla. Può essersi dimenticata del diario? La risposta è certamente no.