Allora... premetto che non sono la persona più esperta del mondo a questo riguardo (riguardo a niente in effetti

) però qualche lavoretto del genere con moviemaker e simili l'ho fatto. Non è che abbia capito molto bene cosa intendi però con
Ora, ho assimilato il fatto che non possano essere ovviamente di diverse dimensioni
devi convertire i vari spezzoni prima di unirli perchè non hanno tutti la stessa estensione, perchè alcuni sono in 360p e altri in 720p o che cosa? cosa intendi con dimensione? Comunque fin d'ora ti posso dire 2 cose, la prima è che convertire un file video da un'estensione ad un'altra è sempre un po' un terno all'otto, perchè richiede molto tempo e un alto consumo di cpu. Mentre la conversione procede, a meno che tu non abbia una macchina molto potente, ti conviene non fare altro, come se stessi deframmentando il disco, se no la potenza di calcolo rimanente non è sufficiente al computer per svolgere bene il compito, e il primo problema che ti succede in questi casi è che il video risultante è fuori sincrono. Senza contare che magari ti ci mette mezz'ora o anche molto più tempo per convertire, e solo a processo ultimato puoi constatare di dover rifare tutto.
La seconda cosa che posso dirti è che in genere il sottotitolo segue il minutaggio del file al quale viene applicato, prendendolo dalla parte audio. In pratica in genere il sottotitolo rimane sempre in sincrono con l'audio, anche se magari è fuori sincrono rispetto al video, quindi se non altro applicare un sottotitolo non dovrebbe complicare ulteriormente le cose. Tutto questo se il sottotitolo è un file srt, come quelli pubblicati da ITASA, se invece il sottotitolo è integrato, "stampato" sul video, naturalmente vale la stessa cosa, ma al contrario, il sottotitolo può essere fuori sincrono con l'audio, ma sarà sempre in sincrono col video.
In entrambi i casi, se riesci a sistemare la sincronia audio-video, i sottotitoli vanno a posto da soli.