Magari Ned lo ha dato al maestro incaricato di seguire la gravidanza di Lyanna 
O all'epoca c'era solo Pycelle come maestro presso la corte reale?
Ed in caso negativo, Rhaegar poteva aver mandato un altro maestro nel luogo in cui Lyanna si apprestava a sfornare il regal pargoletto? 
Che Ned abbia affidato informazioni in proposito a chiunque credo sia da escludere categoricamente.
Il maester di corte era Pycelle, ma Rhaegar di sicuro non avrebbe usato lui.
Il principe avrebbe potuto in teoria mandarne un altro, ma in quel caso sarebbe stato solo qualcuno ritenuto assolutamente degno di fiducia, vista la segretezza che circondava tutta la situazione: se così fosse, però, non si capisce perché questo tizio abbia trasmesso l'informazione alla Cittadella; inoltre, se lo avesse fatto, il segreto sarebbe senz'altro uscito fuori in pochissimo tempo, non avrebbe certo resistito per 20 anni.
L'unico posto nelle cripte in cui Ned può aver scritto qualcosa è il basamento della statua funebre della sorella. E' l'unico effettivo nascondiglio che c'è
Alla Cittadella potrebbe esserci scritto che Rhaegar durante la ribellione stesse cercando levatrici o avesse staccato unità utili alla battaglia affidando loro una missione segreta (che è una cosa che vediamo, Lyanna era sotto scorta).
Beh no, è pieno di altri nascondigli: ad esempio una tomba qualsiasi sarebbe stata altrettanto efficace, anzi di più (perché uno che cerca informazioni su Jon dovrebbe scoperchiare la tomba di un re Brandon a caso?).
Solo che a me non sembra avere molto senso che Ned abbia redatto un documento simile in primo luogo, e poi che lo abbia reso introvabile. Documento che, fra l'altro, avrebbe lo stesso valore di una visione di Bran, cioè nullo.
Che dei membri della Kingsguard fossero in giro a Dorne e siano stati uccisi da Ned e compagni è di pubblico dominio, di sicuro lo sanno anche a Oldtown. Non mi sembra che questo provi niente, però.
Io pongo questa domanda: come ha fatto Ned a ritrovare la sorella?
Per me risposta questa domanda abbiamo anche la prova che dimostra la parentela
Immagino gliel'abbia detto qualcuno, forse la stessa persona che lo ha detto a Gerold Hightower. Qualcuno di certo sapeva dove fosse Rhaegar, Jon però c'entra pochino.
Comunque chi siano i genitori di Jon non si può dimostrare: al massimo può esserci qualche testimonianza, ma non prove tangibili.